Để khắc phục những tệ nạn xảy ra từ các đời vua trước, Minh Tư Tông có ý định thực hiện cải cách, quy hoạch nhân sự mới, đốc thúc bộ máy vận hành. Ông chăm chú việc triều chính, thức khuya dậy sớm, tự mình xem văn bản vì sợ các quan lại sao nhãng không tâu báo hết[8]. Tuy nhiên, việc thực thi chính sách của Sùng Trinh không mang lại hiệu quả.

Để xây dựng đội ngũ nhân sự mới, Sùng Trinh không tự mình lựa chọn bổ nhiệm đại thần, cũng không nghe theo sự tiến cử của mọi người mà dùng cách bốc thăm: Ông tập hợp bá quan vào cung Càn Thanh, sai ghi họ tên từng người bỏ vào trong bình vàng, rồi vái lạy trời xanh phù hộ và dùng đũa gắp thăm[9]. Kết quả lần đó Tiền Long Tích, Lý Tiêu, Lại Tông Đạo, Dương Cảnh Thìn, Chu Đạo Đăng, Lưu Hồng Huấn trúng thăm và được cất nhắc.

Tuy nhiên, những người này đều vốn có quan hệ rất sâu với cánh Ngụy Trung Hiền trước đây nên ý tưởng rất khác với Minh Tư Tông. Điều đó khiến Tư Tông không bằng lòng và bãi chức họ[10], rồi bổ nhiệm những người trong đảng Đông Lâm đối nghịch Đông Xưởng như Hàn Khoáng, Thành Cơ Mệnh, Chu Diên Nho, Hà Như Sủng, Tiền Tượng Khôn... Nhưng sang năm 1630 những người này đều bị bãi chức nốt vì vụ án Viên Sùng Hoán.

Tuy vừa thanh trừng hoạn quan Ngụy Trung Hiền nhưng chỉ 1 năm sau Sùng Trinh lại lập tức trọng dụng lực lượng hoạn quan khác trong triều mà không có bố trí nhân sự xứng đáng[11].

Việc sử dụng hoạn quan ngày càng có quy mô lớn. Tới tháng 4 năm 1631, Sùng Trinh khôi phục lại chế độ giám quân do các thái giám đảm nhiệm, ở biên giới gọi là giám thị, trong các trấn nội địa thì gọi là giám quân. Các thái giám này có quyền hành rất lớn, được tham gia việc quân và được Sùng Trinh sử dụng làm mật thám trong quân đội[12].

Không chỉ khống chế quân sự, hoạn quan còn được trọng dụng vào việc kinh tế của đất nước. Hoạn quan Trương Di Hiến được giám sát việc chi thu của Bộ Công và Bộ Hộ, có đặc quyền ngang với Tổng đốc, được xây riêng nha môn gọi là Tổng lý Hộ Công, đứng trên 2 vị Thượng thư 2 bộ này[12].

Các quan lại trong triều đều bị hoạn quan theo dõi dò xét. Việc trọng dụng hoạn quan của Sùng Trinh bị một số đại thần như Cao Biêu, Ngụy Trình Nhuận, Cao Hoằng Đỗ phản đối, nhưng Sùng Trinh không nghe theo và cách chức những người phản đối. Đông Xưởng lại khôi phục quyền lực như khi Ngụy Trung Hiền còn sống. Năm 1640 Sùng Trinh nghe theo lời gièm của Đông Xưởng giết chết Thượng thư Bộ Hộ là Tôn Cư Tương.

Nhà Minh từ thời Minh Thần Tông đã có nhiều biểu hiện suy yếu. Các quý tộc, đại thần cùng nhau tích trữ của cải làm giàu, bóc lột dân chúng, Sùng Trinh không có biện pháp nào cải thiện được. Chi dùng của hoàng gia mỗi năm là hơn 1 triệu lạng bạc trắng[13]. Thuế thu ngày càng cao khiến nhân dân cơ cực, nhiều nơi bị đói kém, phải tha hương, ăn thịt lẫn nhau[14]. Quan lại địa phương không có cách cứu tế lại tăng cường trưng thu thuế khiến dân chúng không chịu nổi, nhiều nơi nổi dậy chống triều đình.

Sùng Trinh đứng trước tình hình đó không ra biện pháp khắc phục. Trước những đề nghị tiếp tế cho những nơi bị đói, Sùng Trinh thẳng thừng từ chối.[15]

Sau đó ông lại ra lệnh bỏ các dịch trạm, mà người làm việc ở đây vốn là những sĩ tốt lương bổng thấp và nông dân nghèo. Các trạm dịch bị giải thể khiến hàng vạn dịch tốt không còn đường sống, cũng nổi dậy chống triều đình khiến phong trào nông dân ngày càng mạnh[16].

Để trấn áp các cuộc khởi nghĩa, Sùng Trinh cần có tiền, do đó lại ra lệnh tăng thêm thuế. Tháng 12 năm 1629, lệnh tăng thêm mỗi mẫu 3 li, ban đầu công bố chỉ thực hiện trong 1 năm nhưng sau đó lại cho thực hiện dài hạn, thu được thêm 2,8 triệu lượng. Sang năm 1639 tăng thuế lần thứ 2 thu được 16,7 triệu lượng, tới năm 1640 lại tăng lần thứ 3 thu được 16,9 triệu lượng[17].

Từ khi lên ngôi, Minh Tư Tông luôn tự nhận mình nghèo nhưng trong kho tàng riêng (nội noa) của ông luôn chứa số lượng lớn vàng bạc châu báu. Sự tham lam của Sùng Trinh và các vương hầu được các sử gia đánh giá là "xem tiền tài hơn mạng sống"[15][18].